一场“反饥饿、反压迫、反美风暴”的火焰已悄然燃起。地下党员吴启梅查找出真凶，她要将真相公诸于众，召开了记者发布会。苏芸含恨与父亲苏从恩争论，斥责国民政府隐瞒“事件”真相的行径，而吴明泰已决然彻底揭露事实真相。然而，已证实受害者竟是本校女生尚丽晶时，他强忍住悲痛闯进苏从恩办公室，正告当局必须偿还民族尊严，严惩凶手。
顿时，北平各大媒体、各大学反对美军暴行的浪潮此起彼伏，一浪高过一浪。国民政府为维系“中、美关系”急令北平控制局面，派出特使急赴北平，吴明泰万万没有想到，刚刚新婚的妻子舒立娟此时却以“特殊”的身份与自己针锋相对、互不相让。
夜色笼罩着北平，尚文井看着忍受摧残的女儿，泣不成声。吴家时常传来舒立娟与吴明泰的争吵声，夫妻间因此而限入情感与理智的纠结。而苏从恩的办公室，奉命出征而败回的胡思良却报告国军已人心涣散，政府已丧失民心。
为防止事态进一步恶化，苏从恩密令胡思良严密监视美海军陆战队营地，果然，美军将领已尝试了上一次的教训，如今，已悄悄做着凶手逃窜的打算。
抉择第38集剧情介绍北平，反美热潮日益高涨，苏从恩越发感到无法控制局面，急令胡思良动员舒立娟撤回南京，谁料，她却以特使的身份下令立即抓捕凶手。顿时，中国军营战车轰鸣，士兵向美军杰克逃跑的方向奋力追击。杰克万万没有料到，就在他即将逃离的瞬间，已被中国士兵团团包围。然而，以依靠美军为首任的黄森为了维系所谓的“中美关系”竟下令杀害目击者李守田等人，销毁证据。
“红岩口”的山路上，丁青山指派的“杀手”驾车疾驶，他们奉命除掉奔赴延安的尚丽晶，猛然，黄腊梅驱车赶到，一阵激烈的枪声之后，“杀手”丧命，腊梅返回北平。
学人们振臂高呼，百姓们迫切期待，吴明泰信步走向法庭的大门，历史上中国第一场诉讼美军的官司即将开庭。
法庭上，吴明泰慷慨陈词，控诉杰克的犯罪事实，而被告方却以证人“畏罪自杀”证据不足为名，宣布杰克无罪。主审法官判决无罪的法槌已经举起，猛然，大门被推开，尚丽晶果敢地站在了众人面前。
声声的控诉，满身的伤痕，吴明泰的指控已驳得被告哑口无言，终于，美军罪犯受到判决。吴明泰胜诉，法庭内外一片欢腾。
然而，苏从恩等人在南京的军事会议上，蒋介石亲自下达了“铲除共党”特别拯救计划的命令。顿时，北平笼罩在白色恐怖之中，而学人们将面临着一场灾难。
抉择第39集剧情介绍地下党员苏芸撞开了吴启梅的房门，哭诉着党组织被破坏的情形，吴启梅要求她立即转移，然而，当她准备离开家时，苏从恩却突然出现在面前。这是他秘令胡思良“谁敢动我女儿，格杀勿论”后，赶回家中为女儿送行的。
苏从恩面对苏芸母亲的遗像泪流满面，他在忏悔，堂堂一位为党国立下赫赫战绩的功臣，如今却无法保护自己的女儿，他的内心充满了悲伤。
“特别拯救计划”副组长黄森、舒立凡此时却秘密实施着将学人迁往台湾的行动，吴明泰断然拒绝前往南京担任“考试院长”职务、柳剑白更是刀架在脖子上也不离开北平半步、而尚文井却把舒立凡奉送的金条拿给了学校，以解决京华缺粮危机，如意算盘被打破，黄森万分焦急，一筹莫展。
猛然，丁青山报告，京华大学擅自挪用“应变经费”救济校方生存困难，黄森决定杀一儆百，竟下令抓捕了柳剑白。消息传来，吴明泰震惊，顿时，苏从恩的办公室传来吴明泰怒斥的吼声，“如此行径何谈教育兴国，如今，腐败的国民政府人心何在、民意何在。”
北平地下党关怀着学人的安危，黄亦萍召开秘密会议部署挽留学人方案，突然，枪声响起，丁青山的部队包围了会场，齐远掩护党组织献出生命，吴启梅等人还未撤离，危急时刻，一个女人驾车飞驰而来，她正是黄腊梅。
北平的一处宅院，著名物理学家华东方在舒立凡的威逼下含恨而死，吴明泰悲痛万分，为了其它学人的安危，他毅然决定，接受国民政府的条件，只身前往南京。