顿珠贿赂降初，拜见东宝法王，意图煽动西藏噶厦闹独立，但遭到法王冷遇。法王大礼欢迎虚云大师，听了虚云劝说西藏归顺民国，表示不能担此重任。
顿珠和降初故意为难虚云等人，以此赶走他们。法王请顿珠和虚云一起聊藏汉关系，法王表示中立。法王决定闭关，请虚云为众僧讲经，还请梦灵和吴礼为自己守护。
虚云都答应下来。梦灵一时着急，闭关仪式上请法王不要闭关，最后法王让虚云处理梦灵。顿珠和降初趁机想赶走虚云等人，虚云在众人面前忍痛用香板打了梦灵，众人才被平息下来。
虚云法师开始默默等待法王出关，而顿珠和降初则希望法王不要出关。
百年虚云第18集剧情介绍东宝法王闭关，八天没有吃饭。降初大喇嘛在顿珠的指使下妄图闯关，被吴礼拦下，格桑索康又鼓动喇嘛们闯关，开枪打死了阻拦他的吴礼，这时东宝法王赶了回来，原来法王借闭关为由秘密前往格丹松赞林寺和三大活佛签署了《滇藏和平协议》，让西藏免于战火洗礼。
梦灵看破红尘出家为僧，虚云为其剃度，并赐法名无梦。虚云在完成鸡足山祝圣寺和昆明华亭寺的修复后，1929年回到福建鼓山涌泉寺任住持，1934年，在广东军政要员陈铭框、李济深等的反复邀请下前往广东韶关，着手千年古刹南华寺的修复工程，还在那里创办学堂，孩子们的成长。
百年虚云第19集剧情介绍虚云让广济给学堂的孩子们送去大米，并倡导僧人到前线去照顾伤员。广济亲眼看到学堂老师被日本飞机炸死请求还俗从军抗日报国。
南华寺修复完成，虚云打算去乳源云门寺。小偷阿牛深夜偷米被虚云发现，虚云放他走还送了他一袋米。虚云带着难民赶到乳源云门寺，主持修复云门寺。
虚云带领众人深夜大雨中将一百个孤儿接到云门寺，难民涌来，寺里所剩粮米不多虚云让僧人吃木薯把粮米留给难民和孤儿。
阿牛为了救苦妹又去偷东西，被大家逮到要遭严惩，虚云和秀娥赶到，秀娥说出了当年的实情。李将军派来接孤儿的部下受伤，虚云发现原来是广济。
百年虚云第20集剧情介绍(大结局)日本人抓到虚云，寻找隐藏在里面的军人，但是并没有找到;忽然得到情报说鬼子要屠村，因为有人在山沟里找到了粮车，粮食被村民们分了，后来被日本人发现，广济要去救人，虚云带着和尚们一起来到这里来为村民说情。
一九四五年八月十五日，日本宣布无条件投降。1949年10月，新中国诞生，虚云在香港讲经说法，他又面临这一次新的选择。